Le collezioni del museo, provenienti tutte dal territorio mantovano, presentano oggetti neolitici, dell’età del bronzo, etruschi, celtici, veneti, romani, goti, longobardi, medievali e rinascimentali.
Il museo si trova nel complesso di Palazzo Ducale ed esattamente su un lato di Piazza Castello sul perimetro verso il Castello di San Giorgio. Le sale rientrano nella zona denominata “Mercato dei Bozzoli” chiamato così per via dell’utilizzo di queste sale per produrre e commercializzare i bozzoli da seta. Anticamente su questa area vi era il Teatro di Corte dei Gonzaga voluto dal cardinale Ercole Gonzaga e dell’architetto Giovan Battista Bertani. Venne poi distrutto da un incendio e ricostruito nel 1591. Nel 1608 il terzo teatro su progetto dell’architetto Antonio Maria Viani venne inaugurato con la rappresentazione della tragedia L’Arianna di Claudio Monteverdi.
Fu nel 1733, in epoca austriaca, che il quarto teatro prese forma su disegno di Ferdinando Galli da Bibbiena e Andrea Galluzzi: il Nuovo Teatro Archiducale.
All’interno sono conservati gli scheletri abbracciati degli “Amanti di Valdaro”. Gli scheletri preistorici sono uniti da un abbraccio che va oltre la morte.