La chiesa di San Francesco, sorta nel 1304 e consacrata da Pio II nel 1459, custodiva le tombe della famiglia Gonzaga.
La tradizione parla che sarebbe stato lo stesso Francesco, proprio qui a fondare la prima delle numerose case francescane che sopravvivono in città ed in provincia. Esistono carteggi che parlano di frati presenti qui già nel 1232. Ma fu Luigi Gonzaga che la volle con mausoleo per la sua famiglia ed arricchita nel tempo di numerosissime opere d’arte.
Venne soppressa alla fine del XVIII secolo, dagli austriaci, ed adibita ad arsenale. Nella seconda guerra mondiale venne quasi interamente distrutta dai bombardamenti ma poi ricostruita riprendendo quanto possibile le forme trecentesche. Da visitare la sopravvissuta cappella di San Ludovico da Tolosa voluta dai Gonzaga come mausoleo con i restanti e pregevolissimi affreschi che rappresentano la vita del Santo.